El Virrey Toledo aplica la Reducción de Indios y esta vasta población es obligada a sangre y fuego a reducirse en pueblos. Hasta ese momento toda la población se dedicaba a las tareas agrícolas o ganaderas y vivían en pequeños caceríos diseminados a lo largo del valle en lugares bien ubicados para cumplir con sus labores.

Los nuevos poblados denominados "Reducción de Indios", diseñados desde España con una planificación detallada y minuciosa tuvieron extrictas normas para su construcción como que diseñó un damero, el ancho de sus calles, la necesidad de implementar una cárcel, hospital, escuela, asilo para ancianos, etc. y por su puesto una plaza mayor y su importante iglesia.

Es así que el Colca resulta con 14 pueblos bien diseñados y magníficas obras de arquitectura, como son casi todas las iglesias que existen hasta hoy.

Por esta experiencia también causaron graves problemas en la población, pues el nacimiento y promiscuidad a que se les obliga a soportar en esta nueva forma de vida, produce terribles epidemias sobre todo por las nuevas enfermedades introducidas por los europeos, determinando una dramática reducción de población, la que de acuerdo con las informaciones existentes al inicio de la república solamente quedaron unas 15 mil personas.

Es importante también señalar que en el año 1630 se descubre en la región las primeras minas de plata, cobre y oro y por lo tanto el interés ya no sólo es por su producción alimenticia, sino también por el volúmen de mano de obra aprovechable para la minería.

Lo curioso es que de haber sido una importante región pasa en la época republicana a ser totalmente ignorada, tal como lo ilustra la anécdota de aquellos dos aviadores, Robert Shippee y George Johnson que a fines de los años 20 realizando un levantamiento aerofotográfico encuentran un conocido valle poblado que le denominan el "Desconocido Valle de los lncas" lo que los motiva al año siguiente a realizar una expedición a la zona, construyendo un aeropuerto en el pueblo de Lari, efectuando las primeras mediciones del profundo cañón e informando que es el doble de la profundidad del cañón del Colorado, dato que hasta la fecha es ignorado por la propia National Geographics Society que en su atlas mundial continúa publicando al cañón del Colorado como el más profundo.

Este acontecimiento causa revuelo en los Estados Unidos, la historia es publicada en el National Geographics Magazine de Enero de 1934 y los mencionados expedicionarios son invitados a diversas universidades de su País a dictar conferencias sobre su notable expedición.

En el Perú no sucede nada, hasta los años 75 que con motivo de la construcción del proyecto de la irrigación de Majes, es que el Valle del Colca puede ser accesible con la construcción de nuevas carreteras y la infraestructura acondicionada para la estadía de los técnicos y personal de la obra. Estas posibilidades de acceso y alojamiento permite que algunos estudiosos, investigadores, artistas y aventureros empiecen a recorrer el valle e ir descubriendo una inagotable riqueza en todos los campos, históricos, artísticos, científicos, deportivos, etc. que dan renombre y difusión internacional hasta convertirlo en lo que hoy es, uno de los principales atractivos turísticos del país.

Estas investigaciones han permitido conocer, por ejemplo:

1) Que el origen más distante del río Amazonas está en el Mismi, pico de la Cordillera del Chila sobre el Colca.
2) Observaciones y estudios en flora y fauna, dadas las condiciones de la cordillera de los Andes en esta zona determinan asociaciones de especies plenamente adaptadas a extremas condiciones de altitud y frio. La posibilidad de observación y estudio de una de las aves más veneradas por todos los tiempos y menos estudiadas por su habitat natural, el Condor.

3) La existencia de más de 20 especies de cactus y 170 aves, etc.

4) La historia geológica del cañón, en que se encuentran prácticamente todas las capas o estratos que existen en la tierra de las épocas más remotas de la formación del planeta.

5) El alto grado de desarrollo de la ingeniería agrícola aplicada por los collahuas, etnia de origen Tiahuanaco, que se asentó en el, valle del Colca y desarrollo maravillosos sistemas de irrigación y conservación de sueios con la construcción de extensos canales y más de 6000 hectáreas de andenes y maquetas modelo.

6) Conservación y utilización de cultivos alimenticios, que con adecuado manejo en la rotación de los diferentes cultivos han permitido conservar la fertilidad de los suelos y control de plagas y enfermedades.

7) Que con la aplicación de sistemas de intercambio de productos con otros pisos ecológicos, han podido mejorar su dieta alimenticia y mantener contacto con otras organizaciones sociales y culturales de otras regiones.

8) Hazañas deportivas como: navegación del cañón del Colca (con una profundidad de 3207 metros), el escalamiento de majestuosos macizos volcánicos como el Ampato de 6300 m.s.n.m. o los varios picos de la cordillera del Chila.

9) El desarrollo de sistemas de domesticación y crianza de camélidos sud-americanos como la llama y alpaca.

10 ) Para visitar el Colca y tener una idea de sus atractivos se requiere de mínimo dos pemoctaciones, los viajes por un día no pueden ser recomendables para nadie y si hablamos de tours culturales, ecológicos o deportivos la permanencia debe ser de 5 ó más días.