Şehir Balıkesir yöresinde yaşayan Magnetlerin Troya savaşları sırasında M.Ö. 1194 yıllarında buraya gelip kurmaları ile tarih sahnesinde yerini almıştır. Daha sonraları Lydia ,Pers, Makedon , Roma ve Bizans sahip olduktan sonra,1313 yılında Saruhan beyliği burayı ele geçirmiştir. 1390 yılında bir süreliğine Yıldırım beyazıd tarafından ele geçirilmesine karşın ancak 1410 yılında kesin olarak Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Esas adı Magnisa 'dır. Fatih Sultan Mehmet ve Kanuni Sultan Süleyman gibi padişahlarla beraber üç tanesi daha padişah olmuş , toplam 16 velihat Manisa'da valilik yaparak devlet işlerinde stajlarını yapmışlardır. Bu nedenden dolayı "Şehzadeler Şehri" olarakta anılmaktadır. Magnetler tarafından yapılan kale şehrin 3 km güneyinde Sandık tepesinde yeralmaktadır. İskender'in hazinesi bir dönemde burada korunmuştur. 1222 yılında eski kalıntılar üzerine Bizanslılar tarafından iç kale yapılmıştır. İçersindeki cami Fatih Sultan Mehmet tarafından yaptırılmıştır.
