El adoptó algunas de las maneras de Mulder tratando de acercarse a él. Pero su posicion en el juego se aclara cuando el advierte al Fumador que separar a Mulder y Scully no romperá su compañerismo y que el Fumador a subestimado a la Agente Scully como un peligro para sus secretos.

El lado oscuro del traidor ("Ratboy" como lo han bautizado sus fans de Internet por su falsedad) aparece cada vez mas claro en el episodio doble "Duane Barry/Ascencion", donde es instrumento del rapto de la Agente Scully y de silenciar a Duane Barry. Expuesta su traición, él desaparece del FBI, solo para volverse una amenaza mas grande y oculta. Al final de la 2da. temporada, en el episodio "Anasazi", él asesina al padre de Fox Mulder inculpándolo a éste del crimen.

    Vuelve en la 3ra. temporada, como asistente del Fumador pero no tan atado a el como antes. participa en el asesinato de la hermana de Dana Scully, Melissa en un intento fallido de matar a la Agente Scully. Cuando engaña al Director Skinner y recupera una cinta digital, el Fumador lo recompensa tratando de matarlo. Krycek escapa jurando venganza contra su antiguo mentor, mientras viaja por el pais con la cinta que revela la extension del encubrimiento del gobierno de los EEUU sobre las visitas de extraterrestres. No es hasta cuando Mulder va a Hong-Kong persiguiendo otro caso que encuentra a Krycek de nuevo, pero esta vez Krycek es poseído por el mismo alien (el "aceite negro") cuyos secretos vendió. El alien lo usa para cerrar un trato con el Fumador, el cual lo regresa a su nave, dejando a un aterrorizado Alex Krycek atrapado y abandonado en un silo de misiles en Dakota del Norte, rogando por ser liberado.

Luego de darle a Mulder pistas sobre un grupo paramilitar en el capitulo de la 4ta. temporada "Tunguska", Krycek resurge de nuevo para unirse a Mulder en la búsqueda de una misteriosa roca. Esto lleva a ambos a Rusia en el episodio "Terma" donde son capturados y llevados a un campo de prisioneros. Mulder descubre durante su cautiverio que Krycek no es quien dice ser. Es amable con sus captores, quienes parecen conocerlo bien. Sus captores realizan experimentos en los prisioneros inyectandoles en su brazo derecho una sustancia extraida de la roca. Mulder escapa del campo forzando a Krycek a ir con él pero se separan cuando éste escapa de Mulder y se refugia en el bosque. Mientras huye se encuentra con un grupo de hombres con un sólo brazo que viven en los bosques. El les miente que es un americano escapado del campo, esa noche ,mientras duerme, los hombres lo atrapan y le cortan su brazo para que en el campo no puedan experimentar con él. Krycek es luego visto usando un brazo ortopédico en compañía de un asesino ruso cuyas órdenes habían sido ir a EEUU y eliminar a todos los que hayan tenido contacto con la roca. Krycek había ordenado al mision del asesino y muestra que ya no es el agente renegado que era sino algo más.