Neo Tokyo 3 non esiste piu'. Al suo posto c'e' solo acqua. Tutti gli abitanti si sono trasferiti altrove. Shinji e' sempre piu' depresso.

		Shinji va all'ospedale dove Asuka si trova in coma. Shinji la agita, le chiede di dargli dello stupido come al solito, insomma vuole che lo smuova.
		Il risultato dello scuotimento, e' che le si scopre il corpo: Shinji allora chiude la porta e comincia a masturbarsi.

Alla Nerv, intanto, Makoto, Maya e Shigeru si domandano cosa ne sara' ora di loro e della Nerv, adesso che tutti gli Angeli sono stati sconfitti.

Misato, nella sua auto, pensa al progetto della Seele: essi ritengono che la razza umana e' arrivata ad un punto critico della sua evoluzione, e vorrebbe forzarla a fondersi evolvendosi in un unico essere a loro avviso perfetto.

Questo e' proprio l'argomento di discussione della Seele: ora che gli Angeli sono stati eliminati, e' giunto il momento di iniziare l'ultima evoluzione. Alcuni membri non sono troppo convinti, ma il vero ostacolo e' rappresentato da Gendo e da Fuyutsuki, che non vogliono obbedire. Ora che la Lancia di Longino e' andata perduta (In realta' orbita intorno alla Luna), Keel dice che bisogna usare l' Eva 01, l'unico clone di Lilith, ma Gendo rifiuta di obbedire dicendo: La morte non porta a niente di buono. Keel gli risponde: E noi vi daremo la morte! chiudendo la comunicazione. Da questo momento la Nerv e la Seele sono in guerra tra di loro.

Nella sua stanza, Rei si sveglia, si veste e se ne va. Gli occhiali di Gendo che la Rei precedente custodiva gelosamente, giacciono a terra rotti.
Anche Shinji e' a letto, con il suo solito DAT Player, ma dopo 26 episodi e 2 film le betterie si sono scaricate...

Il giorno dopo, decisa a scoprire le verita' che ancora le sono nascoste, Misato si intrufola nel computer della Nerv con un portatile, ma d'un tratto risuona un allarme e lei, temendo di essere stata scoperta, impugna la pistola. Ma capisce subito che la verita' e' un'altra: e' iniziata l'offensiva della Seele. Infatti, tramite cellulare, Makoto avverte Misato che il governo ha emesso l'Ordine Speciale A-801, con il quale viene tolta alla Nerv tutte le protezioni speciali di cui godeva.E' accaduto infatti che la Seele, per prendere il controllo degli Eva, ha contattato il governo giapponese dicendo loro che alla Nerv sono impazziti e che vogliono distruggere il mondo scatenando il Third Impact. Il governo allora, per impedirlo, ha ordinato a tutte le sedi della Nerv sparse per il mondo, chiedendo loro di tentare un attacco informatico contro i MAGI della Nerv giapponese per prenderne il controllo.

E l'attacco informatico sta riuscendo: gli operatori della Nerv non riescono a contenere l'invasione.

Si decide cosi' di richiamare in servizio Ritsuko, affinche' fermi l'invasione informatica. Ritsuko commenta: Anche una donna abbandonata ha una sua utilita'...che egoismo!

Sia come sia, Ritsuko si mette al lavoro e, esattamente come accadde nell'episodio 13, riesce a fermare l'invasione all'ultimo istante e a ripristinare il controllo normale. Dopo esserci riuscita, accarezza il luogo dove si trova il cervello della madre, dicendo: Uomini e donne sono cosi' illogici..., quindi esce e se ne va. Ma Gendo e Fuyutsuki sanno che la Seele non si fermera' cosi' facilmente, ed infatti...

		Fallito il tentativo "pacifico" di invasione", Keel ordina al governo di attaccare la Nerv. Così, in poco tempo l'area intorno alla Nerv viene circondata da soldati della JSDF(Japan Self Defence Force, l'esercito giapponese), che hanno l'ordine di occupare la Nerv, recuperare gli Eva, e STERMINARE TUTTI SENZA PIETA'! L'attacco inizia, e ben presto i soldati iniziano a penetrare nella Nerv, lasciando dietro di sé una scia di sangue.

Misato ordina allora di trasferire Eva e piloti in un posto sicuro. Misato ordina di trasferire Asuka sullo 02, sebbene sia ancora in coma: e' sempre piu' sicuro che restare li', e fa inviare lo 02 nel lago vicino alla Nerv. Pero' non si trovano ne' Shinji ne' Rei.

Quest'ultima sta facendo il bagno in una vasca di LCL, mentre Shinji si trova all'interno della Nerv. Non e' in'ottima posizione, poiche' i soldati, eseguendo gli ordini, uccidono anche i feriti e chi si arrende. Misato ordina di inondare i corridoi con la bachelite speciale, sperando di riuscire a rallentare i soldati, quindi carica la sua pistola e, dopo aver affidato il comando a Makoto, corre da Shinji.

Vista la situazione, Gendo si alza dicendo: Professor Fuyutsuki: lascio tutto nelle sue mani e, mentre se ne va, Fuyutsuki gli risponde: Ho capito. Saluta Yui da parte mia.

		L'esercito si avvicina, e Makoto e Shigeru tirano fuori le armi, proprio nel momento in cui un'esplosione annuncia l'arrivo dei soldati. Shigeru passa una pistola a Maya, ma lei si rifiuta di sparare a degli esseri umani. I soldati invece non hanno di questi problemi, e sparano all'impazzata. Intanto Rei si trova nella stanza dove ci sono i resti delle sue cloni. Arriva Gendo dicendo che sapeva che l'avrebbe trovata li', e le dice che e' il momento di andare. Alcuni soldati trovano Shinji e, dicendogli che e' niente di personale, fanno per sparargli. Ma in quel momento arriva sparando Misato che, dopo averne colpiti due, finisce il terzo dicendogli che non e' niente di personale. Quindi afferra Shinji e lo trascina letteralmente verso la sua auto, visto che il ragazzo non ha alcuna voglia di alzarsi ne' di vivere. L'attacco intanto prosegue, e l'esercito lancia addirittura una bomba N2 per aprire un varco verso la base sotterranea della Nerv.

Percorrendo una strada interna, lungo la quale si vedono i resti di alcuni prototipi di Eva, Misato conduce Shinji al luogo in cui e' stato portato lo 01. Durante il viaggio, racconta al ragazzo le intenzioni della Seele, e gli svela che ha scoperto che gli uomini sono in realta' figli di Lilith, e quindi l'umanita' si puo' considerare come il diciottesimo Angelo. Gli Angeli precedenti, anch'essi nati da Lilith, erano evoluzioni alternative alla forma umana. Intanto, all'interno dello 02, Asuka dentro di se' continua a ripetere di non voler morire. D'un tratto, alle sue invocazioni, comincia a rispondere una voce femminile, e in una visione onirica Asuka rivede sua madre. Allora capisce che lo spirito della madre e' nello 02, e nel momento in cui le da' la mano, si risveglia dal coma ed il suo tasso di sincronia con lo 02 torna di colpo alto. Cosi' lo 02 si risveglia, e una volta in superficie attacca l'esercito. Neanche il taglio dell'Umbilical Cable preoccupa Asuka, che afferma: L'A.T.Field e la mamma mi proteggono: non ho nulla da temere! Pero' neanche il risveglio di Asuka riesce a far uscire Shinji dallo stato di "guscio svuotato" nel quale si trova.

		Ancora una volta quella peste chiamata Eva ci intralcia la strada! esclamano alla Seele, anchè Keel risponde che il fuoco si combatte con il fuoco, e cosi' fa entrare in azione le SUE unità Evangelion: così, nove aerei lanciano nove oggetti volanti: sono nove Evangelion bianchi, dotati di motore S2(Quindi non hanno problemi di energia), ali e guidati dal Dummy Plug di Kaworu Nagisa. I nove Eva atterrano circondando lo 02 di Asuka, e Misato le dice che devono essere battutti. Asuka nota che mancano poco piu' di tre minuti allo scadere dell'energia del suo 02, e dice: Una convalescente dovrebbe combattere e vincere in circa tre minuti e mezzo? Ho solo 20 secondi per ognuno... quindi si lancia all'attacco contro di loro.