Misato accompagna Shinji all'ascensore che lo portera' nell'hangar dove si trova lo 01, ma viene ferita dai soldati. Shinji non se la sente di salire di nuovo sullo 01: Io... Io non posso farlo. Non posso e basta...Non posso pilotare l'Eva se questo significa che feriro` o addrirttura uccidero` altre persone. Non ho il diritto di farlo. Pensavo che pilotare l'Eva fosse la mia unica possibilita`. Ma mi stavo solo illudendo. Io non capisco niente - Non sono all'altezza di pilotare gli Eva. Non c'e` niente che io possa fare per gli altri! Ho fatto cose terribili ad Asuka ed ho addirittura ucciso Kaworu... Non c'e` un briciolo di gentilezza in me! Solo disonesta` e codardia... Se posso solo ferire le persone, allora preferisco non fare proprio niente! Misato lo rimprovera, poi gli dice che solo sbagliando s'impara. E solo pilotando l'Eva potra' cercare le risposte alle sue domande. Misato inoltre da' a Shinji la croce che portava al collo, quindi gli da' un bacio sulla bocca, dicendo che continueranno il discorso quando tornera', quindi lo chiude nell'ascensore. Ma non ci sara' alcuna continuazione: la ferita provocata dai soldati e' stata mortale, e Misato cade a terra, dicendo come ultime parole: Sono stata brava, Kaji?. Shinji, nell'ascensore, sente in bocca in sapore del sangue di Misato, e capisce che la sua tutrice e' spacciata, e si mette a piangere.

		Intanto, mentre Asuka continua a combattere contro gli Eva della Seele, Gendo e Rei giungono davanti a Lilith, e li' vi trovano Ritsuko, che punta contro di loro una pistola e annuncia di avere un telecomando con il quale comandera' ai MAGI l'autodistruzione immediata della Nerv. Ritsuko attiva il comando, ma l'esplosione non avviene, e sul telecomando appare scritto che il computer Casper ha rifiutato di obbedire all'ordine. Ritsuko, sconcertata, esclama: MADRE! Preferisci il tuo uomo a tua figlia????????????, quindi e' il turno di Gendo di estrarre una pistola. In verita', io sono sempre stato..., comincia a dire Gendo, e Ritsuko gli risponde: ...un bugiardo.... Gendo spara, e Ritusko cade nel mare di LCL che sgorga da Lilith. Mentre cade, vede un'altra Rei. Intanto, Asuka continua a combattere contro gli Eva della Seele, dicendo: Devo fare da sola: non posso contare su quell'idiota di Shinji!!!!! Shinji, pur ascoltando tutto, continua a restarsene seduto nell'hangar dello 01 senza fare niente.

Il tempo di operativita' dello 02 sta per terminare, e Asuka ce la mette tutta per batterli. D'un tratto, uno degli Eva nemici lancia contro Asuka la sua arma, e lei para il colpo con l'A.T.Field. Ma improvvisamente l'arma si trasforma in una copia della Lancia di Longino e perfora l'A.T.Field colpendo lo 02 in volto, nel momento in cui cessa l'energia. Siccome il pilota sente su di sè ogni cosa che capita all'Eva, l'occhio di Asuka viene trafitto e lei, urlando, muove freneticamente le leve di controllo. E lo 02 sembra riuscire a muoversi di nuovo, ma in quel momento gli Eva della Seele si rigenerano e, dopo aver trafitto con altre lance il corpo dello 02, si lanciano come corvi su di esso iniziando a divorarlo. A questo punto, lo 01 da solo si muove, e cio' convince Shinji a salirvi a bordo.

Lo 01 spalanca ali energetiche e si alza in volo, e Shinji vede i resti dello 02 divorato dagli Eva della Seele, e percio' urla con quanto fiato ha in gola.

Gendo dice a Rei che il momento e' giunto, e mentre parla il braccio di sinistra della ragazza si stacca. Gendo toglie il guanto dalla mano nella quale ha trapiantato Adam, l'appoggia sul petto di Rei: la mano penetra nel corpo della ragazza, e Gendo la porta in basso, dicendo: E' il momento di abbandonare i corpi inutili ed unire tutte le anime. Andiamo dove si trova Yui.

		Alla vista dei resti dello 02, Shinji urla. Se avesse aiutato Asuka nella battaglia, ora sarebbe viva, e percio' Shinji ora piu' che mai si sente un verme e desidera la morte. Come se lo avesse ascoltato, la vera Lancia di Longino abbandona l'orbita lunare e piomba sulla Terra, fermandosi a pochi passi dal collo dello 01. Ora che la Lancia e' tornata sulla Terra, il progetto della Seele puo' compiersi, ed i membri iniziano ad intonare una specie di preghiera, mentre i loro Evangelion raggiungono in aria lo 01 e lo portano piu' in alto: quindi si dispongono ai suoi lati, formando la figura del Sephirot. Fuyutsuki sospetta che stiano creando un campo anti-A.T.Field.

Inizia cosi' il Third Impact. Il Geo Front inizia a sollevarsi, poiche' esso ingloba la LUNA NERA, il luogo dove venne rinvenuta Lilith, che e' il luogo dove e' nata l'umanita'. Gendo dice che il momento e' giunto, e chiede a Rei di condurlo da Yui. Ma Rei, che ha sentito il grido di dolore di Shinji, gli risponde: No. Shinji mi sta chiamando... e si solleva in aria, staccando il braccio a Gendo e rigenerando il suo. Gendo le chiede gridando perche' lo abbia fatto, e lei risponde che non e' la sua bambola. Rei vola verso Lilith, dicendo che e' tornata a casa, ed entra dentro di lei mentre Lilith le risponde: Bentornata. Cosi' Lilith si libera dai chiodi, e comincia a diventare sempre piu' grande...

		Lilith, ormai gigantesca, raggiunge lo 01. Shinji, spaventatissimo, nota che la mostruosa figura e' simile a Rei, e la chiama per nome: Lilith assume cosi' la forma della ragazza, e Shinji urla. Gli Eva della Seele si dispongono attorno ad lei, e alla Nerv capiscono che si stanno assimilando. Infatti, dalle bocche di ogno di essi cominciano ad uscire migliaia di facce di Rei, e il volto di Lilith si deforma, e cio' aumenta il terrore di Shinji, mentre sul corpo dello 01 appare il suo nucleo. Allora Lilith cambia forma, trasformandosi in Kaworu, e dice dolcemente a Shinji: Va bene ora? Alla vista dell'amico, Shinji si rasserena, e la Lancia di Longino si avvicina al nucleo dello 01: appena lo tocca, lo 01 si trasforma in una specie di gigantesca croce, dalla quale spuntano degli occhi. Shinji comincia a ricordare il passato, mentre Fuyutsuki commenta: Gli uomini hanno avuto il Frutto della Conoscenza, e gli Angeli il Frutto della Vita. Ora che lo 01 li ha entrambi, e' come un dio. Se diventera' l'Arca della Salvezza oppure il Distruttore, sara' il figlio di Ikari a stabilirlo.

Shinji viaggia attraverso i ricordi, vedendo anche cose alla quale non ha mai assistito. Rivede anche Misato e Asuka, e chiede a quest'ultima di aiutarlo, ma lei rifiuta sdegnosamente e lo insulta. Shinji allora, che non resiste piu' a tutto questo, l'afferra per la gola e la strozza. Dopo averla uccisa, una nuova moltitudine di immagini attraversa la sua mente.

		La Luna Nera ha superato la stratosfera, e Lilith la prende per le mani, aprendo le ali. Migliaia di Rei appaiono dappertutto, trasformando i corpi in LCL. E' il momento dei premi e delle punizioni: Makoto rivede Misato, Maya rivede Ritsuko, Fuyutsuki rivede Yui e Shigeru vede una moltitudine di Rei. Tutti vengono trasformati in LCL. Alla Seele, uno dopo l'altro spariscono tutti i membri, finche' rimane solo Keel che, prima di sparire anche lui, commenta: Il Principio e la Fine coesistono nello stesso momento. Va bene cosi'.... Nei suoi resti, si vedono parti meccaniche.
		Gendo invece viene "processato" da Yui, Kaworu e Rei, che gli dicono che ha chiuso il suo cuore per non essere ferito dal mondo. Gendo viene preso e divorato da un'apparizione dello 01, ma prima di morire dice: Ogni volta che sono stato vicino a Shinji l'ho solo ferito. Era meglio non fare nulla allora. Non credevo che avrebbe potuto volermi bene, non ne avevo il diritto, e questa e' la ricompensa che ho avuto per cio' che ho fatto. Mi dispiace, Shinji... Restano di lui solo i suoi occhiali, che vengono raccolti da Rei.

Gli Eva della Seele si traffigono dolorosamente i nuclei con le loro lance, mentre la trasformazione degli uomini in LCL avviene su tutto il pianeta. Alla fine, lo 01 entra nel corpo di Lilith, al cui interno fluttuano le migliaia di Rei.

All'interno di Lilith avviene la raccolta dell'LCL, e Shinji viene di nuovo investito dai ricordi. Uno squarcio nel collo di Lilith provoca la fuoriuscita del liquido, mentre all'interno Shinji si risveglia con Rei su di lui, con le mani nel suo corpo: sta per assimilare anche lui. Si trovano nel mare di LCL. Ma Shinji non crede che questa sia la scelta giusta, e dopo aver rivisto la croce datagli da Misato, prende le braccia di Rei e le allontana dal suo corpo. La ragazza non si oppone, e Shinji la ringrazia. Appare allora anche Kaworu, che chiede perche' Shinji voglia che tutto torni normale, visto che lui continuerebbe ad essere ferito. Shinji gli chiede cosa c'entrino loro due con il suo cuore, e Rei gli risponde che rappresentano la speranza: la speranza che le persone possano capirsi l'un l'altra, almeno con le parole "ti amo". E' il cuore delle persone che crea le loro immagini, e tutti coloro che sono stati trasformati in LCL potranno tornare alla loro forma umana se nei loro cuori lo vorranno. Lo 01 esce da Lilith, che comincia a sfaldarsi, mentre gli Eva della Seele si pietrificano e precipitano sulla Terra.
Shinji rivede sua madre, che lo saluta dicendo: Tutte le cose vive hanno il potere di rigenerarsi, ed il cuore di provare a vivere. Finche' continuerai a provare a vivere, ogni posto puo' essere un paradiso, perche' tu sei vivo, e c'e' dappertutto una possibilita' di essere felice. Yui se ne va, con lo 01, con la Lancia di Longino, nello spazio, affinche' sia la prova nell'universo che la vita sulla Terra continua. Arrivederci mamma... dice Shinji.
Quindi, al suo risveglio, si scopre sulla Terra, su una spiaggia. L'LCL orbita intorno alla Terra, e Shinji per un attimo vede Rei, che poi scompare, come se fosse "passata a salutare". Accanto a se', Shinji vede Asuka, con le ferite bendate e, incapace di capire se stia ancora sognando, tenta di nuovo di strangolarla. Ma Asuka lo ferma con una carezza, e lui capisce che quella e' la realta'. Asuka lo guarda, poi dice: Mi sento uno schifo...